Funguje na základě gravitačního čištění vody, což funguje tak, že do nádobky umístěné v horní části naléváte čerstvou vodu, která vytlačuje vodu špinavou skrze čistící kanálek do nádobky k tomu určené.
Největším plusem samočistícího akvária je především jednoduchá obsluha, samočištění a minimální vyrušování rybiček v jejich každodenním rybím životě.